Wojewódzki Inspektorat Ochrony Środowiska w Warszawie działa w ramach sześciu jednostek organizacyjnych, w tym pięciu delegatur terenowych.
W skład Wojewódzkiego Inspektoratu wchodzą:
- Wydział Inspekcji;
- Wydział Prawny;
- Wydział Budżetu i Finansów;
- Wydział Organizacji, Kadr i Szkolenia;
- Wydział Administracyjno-Techniczny i Zamówień Publicznych;
- Wydział Informatyki;
- Samodzielne stanowisko pracy Inspektora Ochrony Danych;
- Samodzielne stanowisko pracy do spraw egzekucji należności;
- Samodzielne stanowisko pracy do spraw kontaktów z mediami i promocji;
- Samodzielne stanowisko pracy do spraw obronnych i ochrony informacji niejawnych;
- Samodzielne stanowisko pracy do spraw przeciwpożarowych oraz bezpieczeństwa i higieny pracy;
- Samodzielne stanowisko pracy do spraw kontroli zarządczej;
- Samodzielne stanowisko pracy do spraw archiwum zakładowego;
- Delegatury Wojewódzkiego Inspektoratu w:
- Ciechanowie,
- Mińsku Mazowieckim,
- Ostrołęce,
- Płocku,
- Radomiu.
W skład delegatur Wojewódzkiego Inspektoratu wchodzą:
- Dział Inspekcji;
- Samodzielne stanowisko pracy do spraw administracyjno-technicznych;
- Samodzielne stanowisko pracy do spraw informatycznych.